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sábado, 15 de septiembre de 2012

Ciclo de Krebs o del Ácido Cítrico.


El pre:
Bueno, como se vio anteriormente en glicolisis, la degradación  anaerobia de carbohidratos da como producto oxaloacetato, piruvato, etanol y lactato. Para el ciclo de Krebs es necesaria la utilización de piruvato y de oxaloacetato, pero ahorita vamos a ver al piruvato.

El piruvato sale de glicolisis y se transforma a Acetil coenzima A (AcetilCoA) por acción de una enzima que se llama “complejo piruvato deshidrogenasa”. En glicolisis se mencionaba que este proceso se llevaba a cabo dentro del citosol celular, mientras que el ciclo de Krebs se lleva a cabo dentro de la mitocondria y su matriz. Para ingresar el piruvato desde el citosol hasta la matriz mitocondrial, se utiliza a la enzima Piruvato translocasa, la cual ayuda a pasar el piruvato a cambio de H+. Esta conversión se da fuera del ciclo de Krebs y genera 1 equivalente de energía: NADH+H.


El Ciclo de Krebs:

Bueno, ahorita ya se puede explicar el ciclo de Krebs como el mismo. Se le llama también ciclo del ácido cítrico. ¿Por qué? Porque se da gracias a la presencia de ácido cítrico.  El ciclo de Krebs da como resultado de  su proceso, 10 ATP.

El principio y el fin:
Como su nombre lo dice, el ciclo de Krebs, es es eso, un ciclo, entonces tiene que darse una interacción directa entre la última fase del ciclo de Krebs y la primera. Dentro de la fase final que se explica mejor de último, se ve que actúa el oxaloacetato. El oxaloacetato deriva del piruvato que también forma el acetil coA. Entonces, la suma de oxaloacetato y acetil CoA me dan como resultado el citrato o ácido cítrico y de ahí la participación de este ácido para llegar a darle nombre al ciclo. Este citrato se oxida en 7 pasos, y de ahí dentro de estos 7 pasos es que se vuelve a formar oxaloacetato y los equivalentes de energía NAD+, Q (ubiquinona) y FADH además de un GTP que forma.

1° Paso: De primero, trabaja la citrato sintasa en un proceso como el descrito anterior, porque es la enzima que forma el citrato. Esta es una transferasa o sintasa. La coA se quita de la molecula.
2°: Pasa de citrto a isocitrato gracias a la enzima aconitasa. Para esto se da isomerización.
3°: Isocitrato deshidrogenasa cataliza el paso de isocitrato a akg o alfa ceto glutarato. Es el primer punto  redox del ciclo, dándose también la primera descarboxilación (formación de CO2). El equivalente de energía que produce es NADH+H a partir de NAD.
4°: Complejo alfa-cetoglutarato deshidrogenasa: Este complejo es igual que el complejo piruvato deshidrogenasa. Lo único que cambia es el nombre de sus E’s: E1 es alfacetoglutarato deshidrogenasa, E” es dihidropoliamida succinil transferasa y el E3 sigue siendo dihidropoliamida deshidrogenasa. Incluso se da el nombre del próximo compuesto en la E2: aja, succinil CoA. Es una redox que me da equivalente de energía NADH y CO2.
5°: Succinil coA sintentasa vuelve el succinil coA en succinato. Aquí se forma un ATP o GTP normalmente, gracias a un Pi (fosfato inorgánico).  Para ello, se libera CoA  y se pega el fosforilo de esta CoA, formándose una enzima fosforilada en su histidina. Ya fosforilada se le da ese Pi al GDP o ADP.
6°: El succinato pasa a fumarato por el complejo de succinato deshidrogenasa. Aquí se produce Q y se llega a reducir a QH2. O sea, se da otra redox. Esto se logra gracias a FAD.
7°: La enzima fumarasa da una hidratación enel fumarato y lo vuelve L-malato.
8°: Malato deshidrogenasa es la enzima que cataliza la última redox del ciclo. Pasa de malato a oxalacetato a la vez que se libera NADH. Y aquí es donde otra vez se empieza el ciclo.

Va, como se ve, hay 4 reacciones redox que me dan equivalentes de energía NADH y Q. Aspi mismo, hay una reacción que me produce ATP. Esto nos lleva a a ver cuantos ATP’s se forman en el ciclo de Krebs para ver su aporte energético.
Qué
Dónde
Cuanto ATP
NADH+H+
Isocitrato deshidrogenasa, complejo AKG deshidrogenasa y malato deshidrogenasa
2.5 por cada molécula= 7.5
GTP o ATP
succinil coA sintetasa
1 ATP
QH2
Complejo succinato deshidrogenasa
1.5 por molecula
TOTAL
10 ATP

Ahora si vemos TODO el proceso energético desde glicolisis vamos a ver que:
·         Glicolisis da 2 ATP y 2 NADH por los 2 gliceraldehídos que tiene. Eso son 7 ATP en total.
·         La piruvato deshidrogenasa me da 2 NADH por los 2 piruvatos de glicolisis, o sea, 5 ATP.
·         Y ciclo de Krebs me da 10 ATP por las 2 acetil CoA de los piruvatos, o sea 20 ATP.
·         Entonces en total, 1 molécula de glucosa me produce 32 ATP de energía.

Regulación del Ciclo de Krebs:
Se puede dar por regulación alostérica por exceso o falta de energía, o por modificación de las enzimas que participan dentro del ciclo por fosforilación.

Fuera del ciclo, se altera la piruvato deshidrogenasa. Si hay mucho acetil CoA se inhibe E2, y si hay mucho NADH, la E3. Igualmente se puede fosforilar la E1 ara inhibirla. (Ver más detallado en piruvato deshidrogenasa). Aquí se incluye el Ca+2, aumentando la actividad de esta enzima a niveles elevados de este ión.

Ahora dentro del ciclo, hay 3 reacciones que se regulan:
·         Citrato sintasa: es la primera reacción del ciclo. Se activan por akg y se inhiben por el NADH.
·         Isocitrato deshidrogenasa: da la primera redox y se activa por Ca+2 y ADP. El NADH la inhibe.
·         Complejo AKG deshidrogenasa: a diferencia de la piruvato deshidrogenasa, la fosforilación de E1 depende directamente por el Ca+2, activando a la fosfatasa el exceso de este ión.

Cambios del Ciclo de Krebs:

El ciclo de Krebs no siempre es un ciclo, a veces se puede saltar pasos gracias a rutas anapleróticas cuando los intermediarios del CK se van a otras rutas. Entonces, por la carencia de los intermediarios, las rutas anapleróticas sintetizan dichos intermediarios.

Ruta del Glioxilato:

Esta es una ruta que se salta algunos pasos del CK. Los pasos que se salta son los dos de descarboxilación y el de síntesis de ATP. En esta ruta, el isocitrato ya no pasa por la isocitrato deshidrogenasa, sino por otra enzima que se llama isocitrato liasa. Lo que hace esta otra enzima es producir glioxalato y succinato. El succinato sigue su ruta hasta el final de CK, en cambio, el glioxalato pasa por otra enzima llamada malato sintasa para saltar de una vez a malato.

El uso de esta ruta aunque casi no produce energía (solo un NADH) puede llegar a ser el uso de oxalacetato para la formación de glucosa, o sea, gluconeogenesis. 

martes, 11 de septiembre de 2012

Complejo Piruvato Deshidrogenasa


El complejo piruvato deshidrogenasa es una enzima que se compone de 3 subunidades, por así llamarlas. Dicha enzima se sitúa a nivel de la matriz mitocondrial, y su objetivo de dicha enzima es catalizar la oxidación de piruvato a Acetil CoA y CO2. Las subunidades que la componen son:
·         E1: piruvato deshidrogenasa –  descarboxila (o sea, le quita un CO2 al piruvato)
·         E2: Dihidrolipoamida acetiltransferasa – Oxidación del grupo ceto (o sea, lo pasa a carboxilo)
·         E3: Dihidrolipoamida deshidrogenasa – regenera la lipoamida.

Además de esas 3 subunidades enzimáticas, la piruvato deshidrogenasa tiene 5 coenzimas que le ayudan:

·         TPP o Pirofosfato de tiamina: viene de la vitamina B1 y ayuda al grupo E1 para la descarboxilación, porque pega el piruvato a su estructura de TPP, que ahora es solo un grupo acetilo.
·         Lipoamida: ayuda al grupo E2. Prácticamente lo que hace es despegar al acetilo del TPP y luego pegárselo a CoA.
·         Coenzima A o CoA: No es lo mismo que la Acetil CoA. La acetil coA es el resultado de CoA más el acetilo de la lipoamida. En cambio, esta CoA sale de la vitamina B5.
·         FAD: es un equivalente de energía que proviene de la vitamina B2 o riboflavina. Influye en el grupo E3, porque de aca es que se reduce el FAD, quitándole electrones a la lipoamida que quedó toda extraña después de pasarle el acetilo a la CoA. Esos dos electrones que se le quitaron a la lipoamida se transportan en forma de H+, entonces pasa a FADH2 para alterar al NAD+.
·         NAD+: es otro equivalente de energía, y proviene de la niacina o vitamina B3. Este NAD+ le quita los 2H+ que tenía el FADH2, y lo regresa a su forma oxidada de FAD. Entonces el NAD+ se reduce, y se vuelve NADH + H. Entonces, como tiene esos 2 electrones de más, los usa después para formar ATP.

Control del Complejo Piruvato Deshidrogenasa:
El complejo Piruvato deshidrogenasa lo que hace al volver piruvato a acetil CoA es darle energía a la célula para poder seguir con el ciclo de Krebs. Entonces, para reducir la actividad de esta enzima lo que hace la célula es ver que tanta energía tiene… Por eso es que el exceso de energía le dice a la célula “ya, para de hacer tanta energía que ahí tenemos.. bajale un cacho a la velocidad”. Entonces para decirle esto se basa en el ATP,NADH y acetil CoA. El ATP y el NADH porque son indicadores de energía; y el acetil CoA porque si ya tienen acetil CoA para que seguir trabajando?.

Ahora pensemos al revés, si mucha energía inhibe la piruvato deshidrogenasa, lo contrario va a acelerarla. O sea, la poca energía hace que esta enzima trabaje más rápido, usando como referencia los niveles de AMP, NAD y CoA. Otra vez, AMP y NAD porque son la forma oxidada de ATP y NADH respectivamente, lo que quiere decir que los electrones que podían dar estos ya se acabaron. Y CoA porque si ya está ahí, no hay que desperdiciarla verdad, entonces la vuelve acetil CoA.

Otra forma que tiene la célula para regular la actividad de la piruvato deshidrogenasa, es que se altera por modificación de la E1, pero solo en las células eucariotas. Para modificar la E1 lo que se hace es que se fosforila. Para eso se usa la enzima piruvato deshidrogenasa quinasa (que fosforila, o sea, le mete un fosfato) que se activa por mucha energía (aja, NADH y acetil CoA). Y cuando se tiene que reactivar este complejo, se usa la piruvato deshidrogenasa fosfatasa (que hace lo contrario, o sea, desfosforila quitándole el fosfato) que se activa por poca energía (NAD+ y CoA).

lunes, 10 de septiembre de 2012

Bioquímica

Aaaaaah la bioquímica... esa clase que si no se te quedó química orgánica no muy que vas a entender... así que si no sabes nada de química orgánica y estás tratando de leer bioqui: NOOO no te va a servir (que cruel se lee eso, pero es la verdad).
En lo personal, bioquímica es la clase que más dificultad me ha presentado este 4to semestre.. tanto así que he tenido que recurrir a tutorías (por cierto, gracias Karina Aguirre si es que algún día llegas a ver esto) =)
Mi tutora es ingeniera química, y pues, si le entiendo :) entonces lo que voy aprendiendo con ella se los voy a postear a ustedes aquí para que se puedan ayudar en caso que no puedan contar con la ayuda de alguien más..
Algo que tienen que saber de bioquímica: si no leen, no entienden. Hay muchas veces que solo leemos lo que necesitamos para el ratito.. pero en bioqui TODO tiene relacion de una u otra manera... entonces si en serio quieren entender la clase, leanla desde el principio. Alguien que trate de entender ciclo de Krebs sin saber que es el piruvato no lo logra, entonces si pueden sigan mi consejo.
Voy a tardar un poco en poner los temas de glicolisis, gluconeogénesis, glucogenesis y glucogenólisis. Pero  lo voy a hacer (promesa de médico) jajaja si pues, y que ya fuera doctora...
Como sea, últimas 3 cosas antes de empezar..
1. No voy a poner reacciones químicas, no me gusta. Únicamente voy a describirselas.
2. Clínicamente, lo que se tiene que ver en un paciente siempre es la glicemia (niveles de azúcar) en la sangre. Si conocemos como está trabajando la glicemia, conocemos qué anomalía está afectando qué.
3. Bioquimica presenta una de las leyes más grandes de la vida: a todo contra hay un pro. Ejemplos? insulina vs glucagón; ATP vs AMP, quinasa vs fosfatasa... etc. Entonces, ya saben :)

La bibliografía que estaré utilizando son:
1. Principios de Bioquímica. Robert Horton. 4ta edición. Editorial Pearson.
2. Atlas de Bioquímica a Color. Koolman. 2da edición. Editorial Thieme.
3. http://www.pearsonhighered.com/mathews/ Inglés.
4. http://themedicalbiochemistrypage.org/ / Inglés

Cualquier tema que ya esté posteado y no se encuentre muy claro, saben que pueden dejar peticiones en los comentarios :) Éxitos colegas! y a seguir estudiando! :)